O que é um arquivo Protein Data Bank (PDB)? Como abrir e visualizá-lo no Windows 11?

Um arquivo de banco de dados de proteínas (PDB) é um formato de arquivo usado para armazenar dados biológicos tridimensionais. Os arquivos PDB são comumente usados ​​para armazenar dados sobre proteínas, ácidos nucleicos e outras biomoléculas. Os arquivos PDB podem ser visualizados de várias maneiras, inclusive por meio de software como PyMOL e VMD. No Windows 11, você pode abrir um arquivo PDB acessando o File Explorer, clicando na guia Exibir e selecionando a opção para mostrar pastas e arquivos ocultos. Depois de fazer isso, você poderá localizar o arquivo PDB que deseja visualizar. Os arquivos PDB são uma ferramenta importante para cientistas que trabalham com biomoléculas, pois permitem a visualização e análise de dados em três dimensões. Entender como abrir e visualizar arquivos PDB é, portanto, uma habilidade importante para quem trabalha na área de bioinformática ou biologia computacional.

Arquivos do banco de dados de proteínas (PDB) são arquivos moleculares tridimensionais que armazenam estruturas moleculares. Agora, se você está se perguntando como abrir esses arquivos no PC, este post vai lhe interessar. Aqui, discutiremos os arquivos PDB em detalhes e como visualizar esses arquivos no Windows 11/10. Então, sem mais delongas, vamos conferir!

O que é um arquivo Protein Data Bank (PDB)?

banco de dados de proteínas (PDB) é um banco de dados de dados estruturais 3D para proteínas, ácidos nucléicos e outras moléculas grandes. Arquivo de PIB A extensão do arquivo é basicamente um arquivo contendo dados relacionados à estrutura de uma molécula biológica 3D. Os dados incluem coordenadas atômicas, estruturas atômicas, conectividade atômica, estrutura de proteínas, estrutura de ácidos nucleicos e muito mais. Ele também contém metadados experimentais.

Este formato de arquivo é amplamente utilizado em bioinformática para trocar coordenadas de proteínas. Ele contém milhares de linhas que descrevem a estrutura de uma proteína. Agora, se você quiser ler ou visualizar arquivos PDB em um PC com Windows, precisará usar uma ferramenta dedicada de terceiros, pois não há um aplicativo nativo para isso. Nesta postagem, discutiremos diferentes maneiras de visualizar o arquivo PDB no Windows 11/10.

Como visualizar o arquivo Protein Data Bank (PDB) no Windows 11?

Existem duas maneiras de visualizar o arquivo Protein Data Bank (PDB) no Windows 11/10, a saber:

1. Use software gratuito para visualizar arquivos PDB.
2. Experimente uma ferramenta online gratuita para ler arquivos PDB.

1] Use software gratuito para visualizar arquivos PDB.

Você pode usar software Windows de terceiros que permite abrir e visualizar arquivos PDB. Existem vários aplicativos de desktop gratuitos disponíveis para Windows que você pode experimentar. Aqui estão alguns bons que você pode usar:

• IQmol
• Swiss-PdbViewerName
• Cumol
• uma molécula
• RasMol

A] IKmol

IQmol é um editor molecular gratuito e de código aberto e software de visualização para Windows 11/10. Usando-o, você pode visualizar o PDB, bem como vários outros arquivos de moléculas 3D, como MOL, SMI, CUBE, XYZ, etc. Neste software, você pode encontrar todas as ferramentas importantes de visualização molecular. Essas ferramentas variam do básico ao avançado. Além de visualizar o arquivo PDB, você também pode editar a estrutura molecular.

Ele permite abrir vários arquivos PDB ao mesmo tempo e visualizá-los todos ao mesmo tempo. No painel Model View, você pode habilitar ou desabilitar a renderização de um ou mais arquivos PDB.

As principais características do IQmol:

Os recursos deste visualizador de arquivos PDB gratuito e de código aberto que você pode consultar são:

• Você pode encontrar todas as ferramentas padrão de navegação de arquivos, incluindo aumentar/diminuir zoom (com a roda do mouse), panorâmica, girar, tela cheia, redefinir visualização, mostrar eixos, etc.
• Ele permite que você personalize a aparência do modelo editando parâmetros como shader, luz ambiente, difusão, força da névoa, destaques, intensidade do ruído, parâmetros POV-Ray, etc.
• Você também pode adicionar rótulos atômicos, como massa atômica, carga parcial, NMR, densidade de spin, etc.
• Isso permite que você personalize as configurações da câmera ao seu gosto. Você pode ajustar a projeção da câmera, posição, etc.
• ter um conveniente rotação automática uma função que permite girar automaticamente o modelo molecular.
• Você pode salvar a representação atual da estrutura da proteína em um formato de imagem como PNG, PPM, BMP, JPG, PS, EPS, etc.
• Ele também permite que você converta PDB em outros arquivos de moléculas usando o recurso 'Salvar como'. Formatos de saída suportados: XYZ, MOL, MOL2, CML, etc.
• Você também pode usá-lo Cálculo funções para calcular energia da estrutura molecular, forças, varredura PES, estado de transição, mudanças químicas, geometria, energia de decomposição, correção BSSE, e assim por diante.

Além das funções de visualização, você obtém um menu Build especial com um conjunto de funções de construção molecular. Esses recursos incluem adicionar novos átomos, inserir novas moléculas, minimizar a estrutura, definir isótopos e muito mais.

Este é um software de modelagem molecular realmente bom com o qual você pode visualizar os arquivos do Protein Data Bank em seu PC. Se você gosta, baixe daqui .

Ver: Chem4Word é um suplemento de química para o Microsoft Word. .

B] Swiss-PdbViewer

Swiss-PdbViewer é um visualizador de arquivos PDB gratuito especial para Windows 11/10. Ele permite que você visualize e analise várias estruturas de proteínas simultaneamente. Você pode analisar a estrutura da proteína, estrutura do DNA, etc. contida no arquivo PDB. Além do arquivo PDB, também permite abrir e visualizar arquivos MOL e MMCIF.

Quando você abre um arquivo PDB, uma visualização 3D é exibida na interface junto com uma janela do painel de controle. O painel de controle contém informações gerais, uma lista e um título de arquivo. Você pode facilmente mover a estrutura, girá-la, aumentar/diminuir o zoom, etc.

Ele também permite que você mostre ou oculte a superfície do ponto, base, ligações de hidrogênio, vetores de força e muito mais de acordo com suas preferências. Você também pode destacar diferentes partes com diferentes esquemas de cores para analisar melhor a estrutura. Além disso, você pode usar recursos de exibição, como Renderizar em 3D sólido, Renderizar POV, Exibir rótulos e muito mais.

Além das ferramentas de visualização, você também obtém muitos recursos de modelagem molecular. Além disso, também possui cálculo de energia, cálculo de ligação H, análise de domínio, detecção de domínio, criação de motivos 3D, construção de simetria cristalográfica e outras ferramentas.

Você pode baixá-lo de Site oficial .

Ler: O melhor software gratuito de análise de energia para Windows 11/10.

C] QMol

Cumol é outro visualizador PDB gratuito para Windows 11/10. É uma ferramenta de visualização de estrutura macromolecular com a qual você pode visualizar arquivos PDB. Outros arquivos que você pode abrir e visualizar nele são DX, MAP, MTZ, CNS, etc.

Ele permite que você alterne entre as visualizações em perspectiva e ortográfica, gire o modelo, aumente/diminua o zoom, etc. Você pode renderizar o modelo usando o POV-Ray e seus métodos de renderização de animação. A estrutura renderizada pode ser salva no formato PNG. Também está disponível uma ferramenta de medição que permite medir a distância, o ângulo e a torção no modelo.

Você também pode encontrar algumas ferramentas adicionais para analisar melhor a estrutura da proteína. Essas ferramentas incluem Superposição molecular, cortador de superfície Mol, geração de superfície Mol, editor de ligação Mol, análise de interação, animação de metamorfose Mol, e assim por diante.

É um bom software para visualizar e analisar a estrutura da proteína presente em arquivos PDB.

Ver: Opção .LIT # Como converter LIT para EPUB ou MOBI no Windows?

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D] Moléculas

O próximo software visualizador de PDB nesta lista é o Molekel. Este é um software de visualização molecular bastante antigo, mas poderoso, que permite abrir e visualizar arquivos PDB. Você pode encontrar muitas ferramentas de visualização e análise molecular que permitem analisar estruturas de proteínas.

Ele permite que você personalize a exibição de moléculas, átomos, ligações, resíduos, etc. Você pode escolher diferentes tipos de exibição para cada um deles, como Ball & Stick, CPK, Hemisphere, SoSphere, Full Sphere, Cylinder, SoCylinder, Semicylinder, Fio, Bastão, Fita Linear, etc. Além disso, você pode ajustar as propriedades da visualização 3D, mostrar/ocultar caixas delimitadoras, usar sombreadores, etc. Ele permite visualizar o arquivo PDB alterando a densidade de elétrons da superfície de a estrutura e adicionando uma superfície disponível para solvente, à estrutura.

você pode encontrar Animação uma função nele para reproduzir a animação da estrutura da molécula. Ele também possui um menu especial 'Análise' com ferramentas apropriadas. Usando ferramentas de análise, você pode determinar dados de grade, densidade rotacional, potencial eletrostático molecular, espectro de emissão, distância, ângulo e muito mais para uma estrutura.

Também permite converter arquivos PDB em vários formatos de arquivo. Esses formatos incluem PDF, PS, EPS e Imagem. Se você gosta dele, você pode obtê-lo Aqui .

Ler: Complete Anatomy App é um download digno para Windows. .

E] Rasmol

Você também pode usar o RasMol para visualizar arquivos PDB no Windows 11/10. É um software gratuito e de código aberto que permite visualizar e analisar estruturas moleculares. Ele também suporta abrir e visualizar outros arquivos como MOL, XYZ, CIF, MOPAC, etc.

Ele permite que você visualize a estrutura como uma moldura, urdidura, hastes, fitas, fios, etc. Você também pode destacar diferentes partes da estrutura com cores diferentes. Ele também permite que você mostre ou oculte átomos de hidrogênio, heteroátomos, sombras, rótulos, etc. de acordo com suas preferências. Você também pode medir distância, torção, ângulo e outros valores em uma estrutura.

Este software está disponível Aqui .

Ver: O Melhor Software Gratuito de Anatomia Humana 3D para Windows.

2] Experimente uma ferramenta online gratuita para ler arquivos PDB.

Você também pode usar uma ferramenta online gratuita para abrir e visualizar arquivos PDB. Tudo o que você precisa fazer é abrir o site em um navegador da Web e baixar o arquivo PDB para visualizá-lo. Aqui estão alguns bons visualizadores de PDB on-line gratuitos que você pode experimentar:

• RCSB PDB
• Molsoft

A] RCSB PDB

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Você pode usar esta ferramenta online gratuita chamada RCSB PDB para visualizar os arquivos do banco de dados de proteínas. Ele permite que você importe um arquivo PDB e depois visualize e analise sua estrutura molecular.

Você pode encontrar alguns recursos básicos de visualização, como zoom, rotação, alternância avançada de visualização de porta, redefinição de câmera, alternância de modo de seleção etc. /desligado. desabilitar oclusão, habilitar/desabilitar névoa, recorte, localização, etc.

Vem com Animar função. Usando isso, você pode girar automaticamente a estrutura da proteína. Com isso, você pode ajustar a velocidade e o ângulo de rotação. Você também recebe um dedicado Medição ferramenta nele. Usando esta ferramenta, você pode descobrir vários valores, como distância, orientação, ângulo e muito mais.

Além desses recursos, várias outras ferramentas úteis estão disponíveis: pesquisa de motivo de estrutura, adição de componentes, exportação de animação, exportação de geometria (STL, OBJ, etc.) e exportação de modelo.

Em suma, este é um visualizador de PDB on-line gratuito muito bom, com um ótimo conjunto de ferramentas de visualização. Podes tentar Aqui .

B] Molsoft

Molsoft é outra ferramenta online que pode ser usada para visualizar estruturas PDB. Este é um visualizador de arquivos PDB simples com recursos básicos. Primeiro, abra-o Local na rede Internet e clique na opção de menu de três pistas. Depois disso, selecione a opção 'Abrir' para importar um arquivo PDB salvo localmente ou fazer upload de um arquivo do seu Google Drive. Quando você seleciona um arquivo, ele mostra a estrutura molecular no visualizador.

Você pode usar diferentes modos de visualização para visualizar a estrutura. Essas visualizações incluem wireframe, creatina fosfoquinase (CPK), bola e haste, fita e muito mais. Você pode alternar facilmente entre esses modos de exibição para atender às suas necessidades. Além disso, permite habilitar ou desabilitar rótulos de átomos, rótulos de resíduos, ligações de hidrogênio e sítios para uma melhor compreensão da estrutura.

Ele também fornece ferramentas de medição. Você pode medir distância, ângulo plano e ângulo de torção no modelo. Além disso, está disponível uma prática função Colorir por, que permite colorir a estrutura por tipo de átomo, cadeia, alinhamento, estrutura secundária, etc.

Este é outro bom visualizador de arquivos PDB online que você pode experimentar gratuitamente.

Como baixar um arquivo PDB do Protein Data Bank?

Para baixar um arquivo PDB do Protein Data Bank, você pode visitar o site Protein Data Bank, digitar e pesquisar o nome da proteína ou macromolécula, como hemoglobina humana, quitinase, etc. Em seguida, selecione o arquivo nos resultados da pesquisa e use a opção de download para baixar o arquivo PDB. Tão simples como isso.

Como visualizar as estruturas do PDB?

As estruturas moleculares do PDB podem ser visualizadas usando uma ferramenta on-line dedicada ou aplicativo de software. Você pode experimentar softwares gratuitos como IQmol, Swiss-PdbViewer e CueMol para visualizar e analisar estruturas PDB em seu PC. Se você preferir usar uma ferramenta online, há muitas opções. Por exemplo, experimente serviços da Web como RCSB PDB e Molsoft. Estes são visualizadores de arquivos PDB on-line gratuitos que fornecem ferramentas avançadas de visualização e análise molecular.

Como converter arquivo PDB para PDF?

Para converter arquivo PDB em PDF, você pode usar este aplicativo de desktop gratuito chamado Molekel. Ele fornece uma opção especial 'Salvar em PDF' que permite converter o arquivo PDB para o formato PDF. Você pode abrir o arquivo PDB e clicar em 'Arquivo' > 'Salvar em PDF' para converter PDB em PDF. Discutimos este software em detalhes neste post, confira acima.

Isso é tudo.

Agora lê: O Melhor Software Gratuito de Modelagem Molecular para Windows.